Dr Cecilia Farfán-Méndez jest afiliowanym pracownikiem University of California San Diego, który w rankingu szanghajskim zajmuje 18 miejsce.
Dr Cecilia Farfán-Méndez jest Kierownikiem Programów Badań nad Bezpieczeństwem w Center for U.S.-Mexican Studies (USMEX) na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego. USMEX jest siedzibą wiodącego amerykańskiego instytutu badawczego zajmującego się badaniem Meksyku. Jest również współpracownikiem naukowym w Center for Studies on Security, Intelligence and Governance (CESIG) w Instituto Tecnológico Autónomo de Mexico (ITAM) z siedzibą w Mexico City.
Jako kierownik programów badań nad bezpieczeństwem dr Cecilia Farfán-Méndez współpracuje obecnie z Mexico Opium Network - biurem informacyjnym zajmującym się wiedzą na temat produkcji i rozpowszechniania opium w Meksyku oraz z MCO (Mapping Criminal Organizations Project) które monitoruje organizacje przestępcze w Meksyku.
W USMEX pełni również funkcję współprzewodniczącej Zespołu Zadaniowego Współpracy w dziedzinie Bezpieczeństwa USA-Meksyk. Grupa zadaniowa składa się z ekspertów, byłych i obecnych urzędników rządowych z Meksyku i Stanów Zjednoczonych. W marcu 2019 r. Grupa zadaniowa przedstawiła swój raport „Współpraca na rzecz bezpieczeństwa USA-Meksyk 2018–2024” w Brookings Institution w Waszyngtonie, w którym przedstawiono konkretne zalecenia polityczne dotyczące sposobu zacieśnienia współpracy w dziedzinie bezpieczeństwa między Stanami Zjednoczonymi a Meksykiem.